Boneyard 这是一个最有价值的城市，玩者在这里会得到最强的武器。Boneyard由四个市镇组成，分别是Downtown、Adytum、Warehouse及Fortress。
Downtown的面积最大，Downtown的西方是Library，即是Followers of Apocalypse的大本营。东方有Blade的大本营。
第一件任务是到Adytum找长老Zimmerman倾谈他儿子被杀一事，他会要求玩者到Blades杀死女匪首Razor，玩者当然要接受这任务。到达Downtown后，要求Blades守卫MacRoe教导玩者打架，这时他会以太忙为理由而推辞。直入Blades的屋内，找Razor并提出Zimmerman的事，她会给玩者一盒Holodisk。玩者带这盒Holodisk回到Zimmerman处。原来整件事是与Adytum的Regulator有关的，这时玩者不得不与Regulator打得你死我活！战斗完毕，重返Razor处，任务便告完成。
第二件任务是帮助Miles找寻修理Hydroponic farm的组件。组件可在Warehouse的死尸处找到，不过Warehouse是Death Claw的巢穴，千万要小心。拿到组件后带回Miles处，再给Smitty修理，便会得到奖赏。另外，Smitty及Miles更送了一件大礼给玩者，这便是为玩者改装Plasma Rifles及Power Armour。
第三件任务便是帮助Gun Runners的首领Gabriel消灭Death Claw。重返Warehouse，消灭地面的Death Claws，到地下室找寻Mother Death Claw并将她消灭。因为MotherDeath Claw相当难对付，所以笔者建议玩者从Gun Runner处购入Plasma Rifle后并带它到smitty处装为Turbo plasmeRifle。另外在战斗时，不妨用Aimshot射其眼部，因DeathClaw的要害在眼睛。
最后，紧记到Library找Nicole问Child of Cathedral的事及要求Mac Roe教玩者打架的技术。
The Glow The Glow是一个受到严重幅射破坏的城市。一入Glow，玩者会看见地面上有一个大洞穴，只须利用一条绳便可以进去，但切记要先利用Rad X使自己的Radiation Resistance升至100％。
此城的任务很简单，只须使这里的Power Generator重新运作便可。一落洞穴，玩者需要搜查一下尸体上的AccessKey等。在第一层，玩者会看见有一名Brotherhood of Steel成员的尸体，搜查一下，玩者会发现Holodisk及红色Access Key。此Key是用来启动往一至三楼之电梯用的，而Holodisk必须带回Brotherhood of Steel处。到达第二层，玩者会在一具尸体上找到蓝色Access Key，这是用来控制电梯往四楼及六搂的。power Generator位于第六层，可以利用Repair技能将它修好。一旦修好它，所有Sentry Robot便会启动。当启动了Power Generator后，那部可到达第五层的电梯便能使用，可利用在第四层找到的黄色Aceess Key使它开启。在第五层内，玩者需要在一个柜内找寻另一盒Holodisk，并将超级电脑内的资料拷贝下来。任务完成后，便可立刻离开TheGlow。
Brotherhood of Steel 将在The Glow找到的Holodisk交给门口的守卫，玩者便可加入Brotherhood of steel。
Brotherhood of Steel是一个高科技的城市，玩者可得到Power Armour及使自己的属性永久提升。紧记找Michaei及Talus(在第一层)拿Power Armour，以及到第二层找医生。在离开前，到第四层找长老Marsa，他便会告诉玩者在西北方有怪事发生，要求玩者前往查个究竟。离开Brotherhood of Steel后，千万不要忘记到Boneyard找Miles将Power Armour升级。
Military Base 当玩者带Water Chip回Vault l3后，Overseer便会要求玩者到西北方Super Mutant的基地。
到达Milttary Base后，将门口的Guard杀死，并利用他的对讲机，说有不明来历的入侵者，玩者便会得到2OOO点经验值。
Milltary Base的任务相当筒单，将所有Super Mutant杀死便可。基地内有两种电力墙，第一种是红色的，玩者可直接走过，但会造成少许伤害；第二种是绿色的，玩者不能直接通过，必须利用Repair技术使它暂时失灵。到达最后一层。玩者会遇到Super Mutant的队长，另外还有VanHaagen，将他们消灭。最后，玩者要在同一层内找电脑室，并且利用Science技术来控制主电脑，启动自毁程序，之后要立刻离开，任务便告完成。
Child of Cathedral 原来整件事都是由Child of Cathedral的首领控制的。所以玩者必须依据Boneyard的Nicole的资料到这里找Laura，并且与她谈及Red Rider，她便会带玩者到Church内找Morpheus的秘道。在秘道旁有一条棵，玩者必须到每一层并将所有Super Mutant消灭。在第三层，玩者会遇见Morpheus，怎么办？将他杀死并拿取他身上的key。返回地面，开启秘道的门。地下城合共有四层，super Mutant的主人在第三层，而第四层有一个原子弹。玩者有两个方法可以"爆机"。第一是将Super Mutant的主人消灭，第二是启动原子弹自爆程序。如里玩者考虑前者的话，必须找寻一些可以供玩者躲藏的地点，因为Super Mutat的主人火力相当强劲，一不留神便会没命。无论玩者选择哪一种方法，任务完成后，都必须立即离开，否则......离开后，游戏便告完成。