《星舰迷航记：银河霸权传说》以电视剧《Deep Space Nine》最新的剧情为题材。游戏中融入了全新舰队与战斗要素，并且提供了4种连线模式，最多可让8位玩家各自指挥6队战舰分组连线，进行超大规模的舰队浴血战。
四大势力的恩怨
游戏主要是叙述联邦(Federation)、克林贡(Klingon)、卡达细亚(Cardassian)、杰哈达(Jem’Hadar)这四大势力间的恩怨。游戏一开始玩家可以选择加入这4势力其中一个宣示效忠，并执行巡逻所属阵营地盘、保卫殖民地、甚至进攻敌人领地、展开大规模的舰队对决等行动。当然，这四个阵营所拥有的战舰性能各有不同，而能操纵战舰的舰长性格也不同，至于要如何选择能发挥自己擅长战法的战舰来构成舰队，就要靠玩家的手腕啰。
6艘战舰分工合作
玩家一开始的钱少的可怜，只能购买一艘最低等级的小型战舰、分派少量的船员、装备最简单的攻击武器。但随着游戏进行到后期，玩家最多可以将6艘不同的大型主力战舰编组成强大的星际舰队。另外，由于可以购买的装备及武器也随之增加，玩家可以把6艘战舰分别装备成斥候型、主力攻击型、补给型、特殊用途型等。根据战舰、舰长、武器及配备的不同，编队出来的舰队破坏力将会有天壤之别。
完成任务以取得资源
《银河霸权传说》的游戏重点放在任务的巧思和舰队战斗的刺激之上，没有传统即时战略的建造生产这一环节，而由完成任务获得的资源补给，让玩家换取更好的武器装备，以及新战舰的购入、老旧战舰的战舰的维修更新、战舰上船员的分派等。另外，游戏中高达30个关卡都各有多重路线及主要次要任务，玩家可借着挑战完成所有支线任务来增加自己的资源补给。
多款战舰与特殊武器
由于游戏中有4个阵营可以选择，在会战时场上的战舰群将可能同时达到24种之多。战舰的设计完全重现星舰迷航记电影及电视影集中出现过的战舰模型，再加上部分由设计小组依游戏需要而重新设计的战舰，其精确的程度绝对可以让玩家体验那种原作中特有的星际大战之震憾感受。此外，游戏也将出现各种特殊的武器，例如为了捕获敌人战舰而设计的特殊能源武器，可以让敌舰因此瘫痪等等。