《超级机器人大战R》（MSL版）攻略
第○话：不应发生的未来
U.C 0255年的地球，被大批的宇宙怪兽袭击。在最终防卫线的战斗中，地球联邦军的盖修班斯特队被全灭。唯一的生还者紫炎少尉则被卷入缩退炉的连锁爆炸，抛入了亚空间。
当紫炎再次醒来的时候，已经躺在U.C 0079年代的荒野上了。
第一章：战士的历史
第一话：GUNDAM强夺
战舰阿鲁比昂将新开发的两部试作型高达运送到特林顿基地进行测试。然而，装备了核弹头的GP-02却被吉恩军的阿纳贝尔·卡多所夺取。在基地的守卫战中，紫炎和严重受损的盖修班斯特突然出现在战场上。虽然紫炎加入了战斗，的但GP-02的夺取还是失败了。
第二话：南太平洋海战
在追击卡多的过程中，阿鲁比昂遭到了吉恩军的王牌机师“红色彗星”夏亚率领的特殊部队的拦截，双方展开了激战。在联邦军特殊部队提坦斯的协助下，阿鲁比昂终于得以击退夏亚，继续进行追击。
第三话：使徒，袭来
阿鲁比昂来到了第三新东京市，而被称为“使徒”的未知生命体也出现在此处。阿鲁比昂接受了协助当地联邦军部队以及特务机关NERV消灭使徒的任务。
但是，在使徒拥有的究极防御体系“绝对领域”面前，任何常规武器都无法对其造成有效伤害。于是，NERV派出了泛用人间决战兵器“EVANGELION”初号机。虽然一度被使徒所击败，但暴走后发挥出真正力量的初号机却轻松地击溃了使徒。
第四话：神与恶魔之力
修罗男爵率领的机械兽大军出现在城市里大肆破坏，而站在他面前的，是兜甲儿驾驶的万能侠Z。在随后赶到的阿鲁比昂的支援下，甲儿击退了修罗男爵。
第五话：少女看见流星
一部高达型的MS出现在正在交战的阿鲁比昂和吉恩军之间。而驾驶员希洛更是同时对双方展开了无差别攻击，自然是被双方修理得很惨。由于夏亚的设计，吉恩地面军总司令卡尔玛的座舰在战斗中被击沉，阵亡。
在战斗中失去机体的希洛被地球联邦外务次官之女利利娜所救，但他说出来的第一句话却是“我要杀了你……”
第六话：热砂的攻防战
为了追击被夺取的GP-02，阿鲁比昂继续追踪其向西进发。在北非的沙漠地区，阿鲁比昂遭到了吉恩军的“青色巨星”兰巴·拉鲁率领的“青之部队”的拦截。激战后阿鲁比昂虽然获胜，但GP-02仍然被成功运送上了宇宙。
第七话：两个人的宇宙战争
追击GP-02到达宇宙的阿鲁比昂，卷入了吉恩的测试MS与联邦军的战斗。为了救助山达斯Jr军曹，正要到地球赴任的西罗少尉驾驶BALL与吉恩军的扎古RD4展开战斗。而在BALL和扎古RD4双双毁坏之后，西罗邂逅了吉恩的女机师爱娜……
与此同时，阿鲁比昂与吉恩的西玛舰队接触。宏驾驶陆战用的GP-01出击，在西玛的猛攻下大破。宏虽然无事生还，但GP-01已经完全损坏，需要回厂大修。
第八话：冯·布朗的战士
GP-01被运送到月面A.E社的本部进行改装，而意志消沉的宏则结识了一年战争中旧吉恩军的机师凯利。在宏的帮助下凯利修复了巨大MA“巴尔·巴洛”并驾驶其向高达GP-01Fb发起挑战。在宏的说得下，认识到自己真正要走的道路的凯利独自驾驶MA离开了月球……
接着，称为“死亡先锋”的军队袭击了冯·布朗。而当地的少年西布克·阿诺也被卷入了战斗。战斗中，叫作雪西利·菲亚乔特的少女被死亡先锋迎接走，而她的真正身份竟然是宇宙巴比伦的公主贝拉·罗那。
（如在妮娜和宏分别说得凯利之前击坠凯利，则凯利死亡）
第九话：所罗门的噩梦
联邦军宇宙舰队的检阅仪式在所罗门要塞举行，而卡多驾驶的GP-02也趁此机会突袭了所罗门，并用核弹破坏了60%的联邦军舰队。得到信息的阿鲁比昂虽然赶到所罗门，但已经太晚了……
第十话：超级机器人之魂
机械兽军团袭击了联邦军极东支部。在前来救援的阿鲁比昂队到达之前，支部依靠仅有的战力--超级机器人中队（超电磁V、波罗迪斯V、断空我、雷汀、战国魔神）与机械兽展开了周旋。战斗结束后，超级机器人中队被编入了阿鲁比昂。
第十一话：头上的恶魔
在东南亚的热带丛林里，联邦军东南亚地区机械化大队正在与吉恩军进行着艰苦的游击战。在这里，阿鲁比昂接触到了强大的吉恩军试作MA“阿布撒拉斯”……
好不容易击退了阿布撒拉斯，机械兽军团再次出现。而早乙女研究所制造的超级机器人“盖塔”也于此时出现并与阿鲁比昂合流。
第十二话：决战、第三新东京市
阿鲁比昂再次来到第三新东京市，而这时出现的，是攻防一体的无敌要塞第五使徒。贸然出击的EVA初号机被第五使徒的加粒子炮击中，大破。为了对抗使徒，葛城美里提出了用大型阳电子炮远距离狙击的方案。
“八岛作战”成功实施，第五使徒活动停止。
第十三话：苍之死神
接受了护送EVA二号机任务的阿鲁比昂来到了联邦军加州基地，并与当地联邦军一起和为夺取EVA资料而来的吉恩军展开了正面战斗。战斗中，一部神秘的兰色GM型MS出现，并以恐怖的力量对双方发动了无差别攻击。
战斗结束后，阿鲁比昂得到了新配属的机师和MS，而其中一部正是兰色的GM“BD-1”……
第十四话：ASUKA STRIKE
在运送EVA二号机回日本的过程中，阿鲁比昂遭到了鱼类形态的第五使徒的袭击。由于缺乏有效的对水下攻击手段，葛城美里提出了用阿鲁比昂主炮进行零距离射击的方案。作战虽然成功，但阿鲁比昂也同时被破坏而沉没。全体成员转而搭乘前来合流的战舰“白色要塞”。
打倒使徒后，阿布撒拉斯突然出现。战斗中，西罗发现阿布撒拉斯的机师正是自己思念的爱娜。破损的阿布撒拉斯载着两个人消失在地平线……
（西罗与阿布撒拉斯发生战斗后西罗及其所驾驶机体离队）
第十五话：哀战士
随着新型MS的投入使用，战局开始向有利于联邦军的方向偏移。为了粉碎吉恩军在地面上的势力，联邦军开始在欧洲集结，准备夺取吉恩在地球上最大的物资基地奥德萨。
在与补给部队的玛姬尔达中尉会合的过程中，白色要塞遭到了吉恩军“黑色三连星”的袭击。玛姬尔达中尉为了保护白色要塞发动了舍身攻击……
（如在玛姬尔达被击坠之前过关则玛姬尔达不会死亡，可额外得到30000资金及G战机一架）
第十六话：奥德萨的激战
奥德萨会战全面展开，而吉恩的马·库贝为了消灭联邦军，居然准备动用核弹。但在驾驶高达的阿姆罗与驾驶BD-1的咏的共同努力下终于失败。
在战斗中，吉恩军的尼姆巴斯对BD-1发动了猛攻。原来，BD系列机是吉恩的技术人员逃亡到联邦后开发的搭载有特殊系统“EXAM”的强力MS。而尼姆巴斯的任务就是消除联邦手中一切与EXAM有关的人或物。
战斗持续了一天一夜后终于结束了。付出了巨大的代价之后，联邦军终于成功占领了奥德萨。
第十七话：浮上
接到出现不明机动兵器的报告后，白色要塞立刻赶到第三新东京市。在空中互相交战着的，是来自叫做“贝斯特威尔”的异世界的圣战士们。帮助叫做座间翔的青年消灭追兵后。翔告诉众人：贝斯特威尔的霸主多雷古正准备侵略地上世界。但将这个消息汇报给联邦军上层的白色要塞，却遭到了嘲笑。
第十八话：“像个男子汉”去战斗吧
联邦军在火星上的研究设施被不明敌人消灭。接着，袭击了火星的敌人开始对地球圈发动大规模攻击。地球联邦陷入了一方面面对大量从木星圈直接传送过来的无人兵器，一方面又不能不顾吉恩军的两面苦战。为了对抗这种代号“木星蜥蜴”的正体不明的人，DC开始制造装备缩退炉和重力波动炮的新型战舰“抚子”。
但抚子很快就被木星军发现，在无人兵器的猛攻下，有战斗恐惧症的前机师、现役厨师天河明人不得不坐上机动兵器AEATIVALIS（简称VALIS）。
第十九话：心、瞬间、重合
可以分离合体的第七使徒来到了第三新东京市。而消灭它的唯一方法是将两个分身同时消灭。为了达到这个目的，真嗣和明日香开始进行特训。
打倒了使徒之后，同样被多雷古追杀的科拉奥和古兰·加兰两艘贝斯特威尔的战舰出现。在击退追兵之后，两艘战舰加入了白色要塞队。
第二十话：说得太早的再见
白色要塞队将要护送抚子打上宇宙，但得知了此消息的提坦斯唆使联邦军部队高轨道截击部队拦截抚子，意图将其夺取。挡在抚子面前的，是舰长由利加的好友纯。激烈的战斗后纯终于意识到，自己其实是在嫉妒与由利加青梅竹马的明人。悔恨的纯用自己的机体挡住射向抚子的飞弹，想要以死谢罪，却被明人和大豪寺凯所救。
战斗结束后，大豪寺凯被想要逃离抚子的提督枪击并身受重伤，被送回了地球。
（明人和凯各说得一次则纯加入成为机师，否则成为舰桥人员）
（战斗后选择“向舰桥”则大豪寺凯死亡）
（战斗后选择“向格纳库”则大豪寺凯不会死亡）
第二十一话：口袋中的战争
白色要塞队在SIDE-6进行补给时，意外地与夏亚的部队进入了同一个殖民地。而阿姆罗在此地与一位名叫拉拉·辛的少女邂逅……
联邦军运送到SIDE-6进行测试的新型MS“高达NT-1”遭到了吉恩军特务部队的攻击。间接从被击坠的吉恩兵巴尼口中得知，此次秘密破坏任务如果失败，吉恩上层就会用核弹毁掉整个殖民地！而搭载核弹头的GP-02已经在此空域周围待机了。
为了保护这个殖民地，白色要塞队的成员们破坏了GP-02的核打击计划，同时也阻止了为了保护殖民地而驾驶破旧扎古与NT-1单挑的巴尼。
（如没能在巴尼被击坠前巴尼和克丽丝均未说得，则巴尼死亡）
（如没能在巴尼被击坠前巴尼和克丽丝其中一人被说得，则巴尼获救但不会立刻加入）
第二十三话：星一号作战
为了彻底消灭吉恩的势力，联邦军集结了全部的宇宙舰队对被吉恩军占据的所罗门要塞发起了攻击。而驻守所罗门的多兹鲁中将在敌我兵力悬殊的情况下驾驶MA魔霸发动了自杀性攻击，虽然对联邦军造成了可观的损伤但终于还是落败。所罗门要塞被联邦军所占领。
（如斯雷卡与多兹鲁发生战斗则发生斯雷卡死亡事件）
第二十四话A：光之宇宙
白色要塞队遭到了夏亚率领的NEWTYPE部队的袭击。而敌NT专用MA的机师，正是阿姆罗在SIDE-6邂逅的少女拉拉·辛。激战中，阿姆罗的光剑失手刺入了拉拉的MA的驾驶仓……
（如在说得拉拉后，不让阿姆罗和夏亚或拉拉发生战斗，则拉拉不会死亡）
（如在拉拉死亡的情况下说得夏亚且格雷米存活，则阿姆罗被格雷米击坠并死亡。凯斯帕（夏亚）、柯斯可、沙里亚、格雷米加入，进入分支路线A。否则进入分支路线B）
第二十四话B：苍之后继者
白色要塞队遭到夺取了BD-2的尼姆巴斯的袭击，而他的目的依然是搭载了EXAM的BD-3。同样被EXAM选中的咏和尼姆巴斯在宇宙中展开了激战，并最终以后者的死而告终。
（咏打倒尼姆巴斯的情况下，BD-3毁坏。）
第二十五话A：吉恩之子
赞同凯斯帕·戴肯（夏亚）的主张而协助他的白色要塞队，在与吉恩的基西利亚合流后，潜入了吉恩公国的首都--SIDE-3的什姆市。他们的目标是吉恩公国的最高元首基连。在打倒了被重重保护的基连之后，有着与基连同等程度的野心的基西利亚也被凯斯帕杀死。
第二十五话B：宇宙要塞阿·巴奥·库
联邦军一路推进，终于打到了吉恩军的最终防线--宇宙要塞阿·巴奥·库。驻守在这里的是配备了最新型MS的部队，以及驾驶巨大MS“自护号”的夏亚。
战斗中，坐镇要塞内的吉恩军总帅基连被基西利亚暗杀，而基西利亚本人也被随后赶到的夏亚杀死。失去了指挥核心的吉恩军纷纷从此空域撤离，阿·巴奥·库随即被联邦占领，而夏亚也于此役失踪。
（咏打倒尼姆巴斯的情况下，此关过后玛里昂加入、得到伊夫里特改）
（阿姆罗打倒夏亚的情况下，塞拉不会离队）
第二十六话A：敌人的真相
凯斯帕率领白色要塞对木星蜥蜴发起反攻，在战斗中，众人惊异地发现所谓的“木星蜥蜴”其实是人类！从俘虏白鸟九十九的口中得知，木星帝国实际上是宇宙世纪初年被流放的反地球联邦主义者的组织。
第二十六话B：震动的山
失去了首脑的吉恩公国很快便在投降书上签了字，但很多吉恩军的残党部队却不承认这份投降书。转入地下的他们继续进行着对联邦军的战争。地球联邦军对各地的吉恩残党展开了全面的扫荡工作。
在东南亚地区的扫荡作战中，与吉恩女兵爱娜有接触的第08MS小队的队长西罗被怀疑是吉恩军的间谍。在对一个秘密基地的作战中，吉恩残党军出动了试作MA“阿布撒拉斯III”。西罗成功说得了驾驶阿布撒拉斯III的爱娜，并与她一同打倒了陷入疯狂的基尼阿斯。
（14话发生西罗与爱娜的情节，则此关可得到EZ-8）
（西罗说得爱娜后爱娜加入）
第二十七话A：NEWTYPE们的未来
吉恩军与木星军在火星展开决战，而木星的领导人西罗克也亲临战场。西罗克与凯斯帕，两个怀着不同的NEWTYPE主义理想的人展开了激战。战斗以西罗克的死亡告终，地球圈在凯斯帕的领导下，开始了NEWTYPE的新时代。
（SUDDEN END）
第二十七话B：在静止的黑暗中
地狱博士对拥有强大力量的EVA系列产生了兴趣。于是，破坏伯爵的机械兽部队被送往第三新东京市。
由于EVA的行动需要电力的支持，机械兽破坏了第三新东京市的电力设施。失去动力源的EVA只得依靠5分钟的内置电源对抗机械兽。在内部电源耗尽的情况下，EVA初号机再次暴走，将敌人打得落花流水。
战斗后，白色要塞队兵分两路：白色要塞和科拉奥前往南澳大利亚的DC支部（路线A），抚子和古兰·加兰则前往火星调查被摧毁的研究设施（路线B）。
（蝴蝶鬼的HP50%以下时以龙马说得蝴蝶鬼的情况下，蝴蝶鬼加入）
（以甲儿说得米尼鲁巴X的情况下，米尼鲁巴X加入）
第二十八话A：黑色的高达
停靠在SIDE-7补给的抚子，卷入了反联邦组织奥古夺取提坦斯新型MS“高达MK2”的战斗。而最令紫炎吃惊的是，奥古MS部队的指挥官竟然是夏亚。在古利普斯的少年卡缪的协助下，奥古成功地夺取到了MK-II。
（卡缪可说得爱玛）
第二十八话B：拉·基亚斯的风
在向澳大利亚的航行中，白色要塞被召唤到了异世界拉·基亚斯的神圣兰·古兰王国。并立刻被卷入了与来袭的魔神官卢奥祖的战斗。
战斗结束后，白色要塞队的成员得知拉·基亚斯与地球是互为表里的世界，地球发生的种种异变也波及到了拉·基亚斯。而且，这一系列的异变都绝非偶然，是某人在背后操纵的结果。为了找出操纵这一切的元凶，白色要塞队被召唤到了拉·基亚斯。
第二十九话A：提坦斯的恶意
准备前往火星的抚子，遭到了提坦斯部队的截击。在奥古的援助下，抚子击退了提坦斯的进攻。提坦斯的机师爱玛因为不满提坦斯的暴行，也在战斗中倒戈加入奥古。与奥古的领导人布列克斯准将会谈后，克瓦特罗（夏亚）、卡缪等成员加入了抚子。
（如卡缪曾说得爱玛，则追加一部黑色的MK-II）
（爱玛可说得莱拉撤退）
（如莱拉被击坠则死亡）
第二十九话B-1：调和的结界
白色要塞队接受了和四台魔装机神共同守卫保护王都的结界的任务。出现在此处的，是魔神官卢奥祖率领的死灵兵团。
当白色要塞队回到王都时才发现，卢奥祖只是阳动部队，王都已经被白河愁破坏殆尽。为了追击逃往地面的白河愁，白色要塞队和魔装机神回到了地面世界。
第二十九话B-2：王都崩坏
就在魔装机神部队去保护结界的同时，王都遭到了强大的敌人的袭击。而敌人居然是曾经见过面的神秘青年白河愁。守卫王都的白色要塞队虽然奋力击退了愁，但王都也被破坏殆尽。为了追击逃往地面的白河愁，白色要塞队和魔装机神回到了地面世界。
第三十话A：大气圈突入
夺取MK-II成功的奥古决定从大气层外强行降下，对地球联邦军总部贾布罗进行突袭，而西罗克指挥的提坦斯的舰队也出现在这一空域。
在双方的战斗中，一艘穿梭机正好经过此处。而从穿梭机中出现迎战提坦斯的居然是死神高达和W高达。但由于数量悬殊，两部高达的机师都被提坦斯所俘虏。
经过激烈的战斗，奥古的部队终于成功降下了地球。
（如卡克利肯被击坠则死亡）
第三十话B：不受欢迎的访客
来到了南澳大利亚DC支部的白色要塞队，意外地遇到了白河愁，但愁却并不想与他们战斗。他告诉了众人，外宇宙的势力正在窥测地球，而DC正是为了这个目的才成立的。
刚刚修复的巨大战舰MACROSS自动对月球内侧发射了主炮，而随之出现的是体形巨大的战斗种族天顶星人。
第三十一话A：贾布罗的风
降下了贾布罗的奥古部队几乎没有遭到什么象样的抵抗，原因是提坦斯早已在贾布罗地下埋藏好了核弹，准备让奥古与贾布罗同归于尽。经过与联邦军炮灰部队的战斗后，卡缪等人惊险地逃离了贾布罗。
第三十一话B：MACROSS发进！
面对打也打不完的天顶星人，MACROSS使用了跳跃技术。但由于操作上的失误，MACROSS被送到了冥王星，而跳跃系统也无法再次使用了。MACROSS只好开始漫长的归途。
第三十二话A：HONGKONG CITY
奥古的降下部队来到香港，而提坦斯的巨大MS“精神力高达”也尾随而至。战斗中，卡缪与驾驶精神力高达的少女“凤”产生了强烈的共鸣。
接着，机械兽军团再次出现。站出来阻止它们的，是上届高达格斗大会的优胜者--亚洲尊者东方不败以及其弟子多蒙。
战斗结束后，从提坦斯的软禁中逃脱的阿姆罗与奥古的部队合流。而东方不败则向众人透露了DC秘密制造的巨大机械生命体“恶魔高达”的情报。
（卡缪可说得凤）
第三十二话B：与天敌的接触
被天顶星人追击的MACROSS发射了主炮，但仍然无法消灭全部敌人。正当这个危急时刻，DC的外宇宙远航战舰EXALION被宇宙怪兽追击到了此地。天顶星人立刻与宇宙怪兽打了起来，MACROSS和EXALION趁此机会脱离了此空域。
第三十三话A：命的选择
奥古的降下部队在自治的第三新东京市进行补给，而此时正赶上EVA3号机进行启动实验。但在实验中，3号机被使徒侵蚀。真嗣得知3号机内有驾驶员后拒绝作战，于是元渡命令打开初号机的模拟作战系统。暴走的初号机将被侵蚀的3号机击败。
第三十三话B：敌人的真相
来到木星圈的MACROSS遭到了木星蜥蜴的热烈“欢迎”。在危急的情况下，高屋典子启动了尚未完成的超级机器人GUNBASTER，杀出了一条血路。
在战斗中，他们俘虏了一位名叫白鸟九十九的木星机师，他们发现：所谓的“木星蜥蜴”也是人类。
第三十四话A：Z的鼓动
抚子离开地球和亚加玛合流后，准备前往调查火星研究设施。大量被木星蜥蜴控制的无人驾驶旧吉恩军MS与移动要塞“七节虫”突然出现。依靠A.E送来的Z高达，亚加玛队击退了木星蜥蜴，但七节虫却降下了地球。
第三十四话B：逃亡者
MACROSS接收到了奇异的求救信号，发出信号的则是自称塔巴的异星人青年。击退追杀塔巴的波塞达军后，对方的首领妮留下一句：“这样就可以名正言顺的进攻地球了”。
原来，塔巴是潘塔哥那星团雅曼王朝的王子，祖国被独裁者波塞达消灭后，他就一直遭到波塞达军的追杀而逃到了地球。
第三十五话A：火星的秘密
在火星的研究设施遗迹，抚子意外地与失踪的MACROSS合流了。而此时出现在战场两侧的，是天顶星人和木星蜥蜴。研究设施的生还者伊妮斯博士引爆了基地的反应炉，MACROSS舰队趁机脱离了火星。但在战斗中，一条辉、明美、未沙和福克四人被天顶星人俘虏。
第三十五话B：再见火星
在火星的研究设施遗迹补给的MACROSS，意外地与前来调查的抚子合流了。而此时出现在战场两侧的，是天顶星人和木星蜥蜴。研究设施的生还者伊妮斯博士引爆了基地的反应炉，MACROSS舰队趁机脱离了火星。但在战斗中，一条辉、明美、未沙和福克四人被天顶星人俘虏。
第三十六话：BIG ESCAPE
被俘虏到天顶星人旗舰里的辉等人，趁女性部队攻打男性部队的时候，逃出了战舰。但单独囚禁的明美却被留在了战舰上。
（马克斯与米利亚战斗引发原作情节）
第三十七话：贝拉·罗那
由于提坦斯将主要精力放在了与奥古作战上，吉恩残党、死亡先锋等势力再次开始活性化。冯·布朗再次遭到了死亡先锋的袭击。而在战斗中，西布克发现敌人的机师竟然是雪西利·菲亚乔特，也就是贝拉·罗那。与西布克重逢的雪西利放弃了自己的家族和血统，加入了奥古。
与此同时，波塞达军也到达了地球圈。精锐部队“十三人众”之一的莉姬在战斗后被俘。与塔巴的短暂接触使她的立场逐渐改变了……
（贝拉可以分别说得德列尔和萨比尼）
第三十八话：被称为ZERO的高达
在奥古与提坦斯的战斗中，一部从未见过的高达突然出现，并一击破坏了一颗殖民卫星。提坦斯军以希洛为人质，胁迫迪奥驾驶试作MS“美尔克留斯”，一同出击的则是化名混入提坦斯的特洛瓦驾驶的“韦洛特”。
原来这部MS是威那财团开发的W高达ZERO，而驾驶它的卡多鲁因为家人的死而精神失常。虽然特洛瓦的舍身攻击使他恢复了正常，但特洛瓦本人却消失在茫茫的宇宙中。
（玛瓦存在且杰利特HP50%以下的场合由卡缪攻击杰利特，则发生玛瓦死亡事件）
第三十九话：阿克西斯的使者
莉姬和白鸟九十九双双逃离。但亚加玛队却无暇顾及，因为新吉恩的哈曼出现在地球圈。为了争取新吉恩这个举足轻重的势力，奥古和提坦斯都与哈曼进行了接触。但由于夏亚与哈曼的意见分歧，谈判最终破裂。
第四十话：特列斯的决意
为了与提坦斯对抗，奥古决定求得在联邦军中有相当威望的特列斯准将的协助。于是奥古部队来到了特列斯派的据点卢森堡。提坦斯的MD部队正在大举进攻，而守卫这里的却只有少数死忠于特列斯的联邦军士兵。
在战斗中，希洛驾驶的W高达出现，在消灭了大量的MD后终于弹尽粮绝。此时，特列斯将自己秘密制造的高达EYPON送给希洛。在EYPON的强大力量以及及时赶到的奥古部队的支援下，提坦斯的MD部队终于被全灭。在夏亚的劝说下，特列斯答应利用自己的人望，策反一部分联邦军部队反对提坦斯。
第四十一话：男人的战斗
第十四使徒袭击第三新东京市，NERV和奥古的部队虽然尽力抵挡，但却完全无法阻挡强大的使徒。初号机出击后因内部电源耗尽而停止，但立刻又再启动，以400%的同步率打倒并吞噬了使徒。
第四十二话：泪
恶魔高达出现在第三新东京市，而其驾驶员竟然就是多蒙的哥哥京介，而东方不败也露出了恶魔高达四天王之一的真面目。原来恶魔高达是为了获得EVA的强大力量才出现在第三新东京市。由于与第十四使徒作战时损失过于严重，第三新东京市的防守力量十分薄弱。出击的零号机和初号机也被恶魔高达所侵蚀。为了保护真嗣，绫波毅然拉下了自爆开关……
第四十三话：玻璃王国
提坦斯大军包围提倡完全和平主义的桑古王国。公主莉莉娜为了贯彻完全和平主义，宣布无条件投降。驾驶EPYON的希洛与驾驶WING ZERO的杰克斯赶到，被零系统玩弄的二人激战后互换机体分道扬镳。奥古的部队虽然消灭了包围桑古王国的提坦斯军，但莉莉娜仍然被提坦斯掳走。
贝斯特威尔军的杰利露率部队出现。在被翔击败而极端愤怒的情况下，杰利露的机体HYPER化成了巨大的奥拉战机。经过一番苦战，亚加玛队终于打倒了杰利露。
第四十四话：战场的爱
波塞达军袭击了在早乙女研究所休整的亚加玛队，但莉姬却突然倒戈帮助塔巴。虽然一度遭到怀疑，但大家还是接纳了她。
就在盖塔队更换新的盖塔G时，修罗男爵突然出现。再次被甲儿打败后，他对研究所发起了自杀攻击，为了阻止他，巴武藏启动了盖塔的自爆模式……
（将修罗男爵的HP打到20%时发生情节，巴武藏自爆后死亡）
（将修罗男爵打倒时发生情节，巴武藏自爆后失踪）
第四十五话：达卡之日
提坦斯准备在达卡宣布将地球联邦改组为世界国家，元首则是作为傀儡的莉莉娜女王。布列克斯准将和夏亚也前往达卡的联邦议会，但准将却被提坦斯暗杀。夏亚决定在世界国家的议会上强行进行揭露提坦斯的恶行的演说。而演说的人选则是特列斯准将。
在奥古部队的掩护下，特列斯准将成功地进入了议会，发表了揭露提坦斯的演说，提坦斯失去了地球联邦军中大部分势力的支持。
（也可选择让夏亚进行演说）
（卡缪可说得露莎美一次）
第四十六话：乞力马扎罗的风暴
奥古和特列斯的部队开始对提坦斯在地球上最大的据点乞力马扎罗发动攻击。令人难以理解的是：木星军的移动要塞“七节虫”也在此地，并协助提坦斯攻击奥古军。
在战斗中，凤驾驶着精神力高达再次出现。经过一番努力，卡缪终于救出了被精神力高达所控制的凤。而乞力马扎罗也成功占领，提坦斯总帅加米托夫逃往宇宙。
（卡缪说得凤两次后击坠精神力高达，则凤加入）
第四十七话：在宇宙绽放的妖花
死亡先锋对冯·布朗的攻击继续进行着。为了除掉多余的人口，铁假面下令释放杀戮兵器“巴克”。亚加玛队和反对巴克计划的死亡先锋部队联手破坏了所有的巴克。本来为了偷MS而来的少年捷度也乘坐上了最新的ZZ高达出击。
铁假面驾驶着巨大MA“拉夫列西亚”独自出击。在西布克等人的努力下，铁假面终于被击坠，但西布克和雪西莉却失踪在宇宙中……
（如凯利未死亡，则在此关加入）
第四十八话：来得太迟的重逢
木星军总帅西罗克正式宣布与提坦斯的结盟。不满这一切的白鸟九十九决定独自与抚子进行和平交涉。而就在他到达抚子所在空域的同时，木星-提坦斯联军也出现在此处。
//战斗中，机动兵器X-VALIS突然出现。而它的驾驶员居然是本以为已经死亡的凯。（凯未死亡的情况下）
//战斗中，抱着对被自己杀死凯赎罪的想法，搭乘抚子的提督在精神几近崩溃的情况下独自驾驶未完成的X-VALIS对敌人进行特攻，最终因重力波炮超负荷运转而阵亡。（凯死亡的情况下）
第四十九话：光荣的落日
奥古、提坦斯和新吉恩在色当之门展开决战。在激战中加米托夫被西罗克暗杀、哈曼撤退回阿克西斯、西罗克逃回木星、夏亚失踪，明日香受到西罗克的精神攻击而崩溃。随着提坦斯的主要势力完全崩溃和木星军、新吉恩军的撤退，地球联邦也再次进行了重组。而新任联邦总统则是特列斯准将。
（卡兹可说得萨拉一次）
（夏亚与哈曼战斗后可说得一次）
（卡缪说得露莎美2次后露莎美撤退）
第五十话A：培曾的反乱
驻扎在小行星基地培曾的亲提坦斯部队“地球联邦军教导团”发动了叛乱。前往平叛的亚加玛和抚子在培曾强大的防御体系面前损失惨重。为了破坏防御网的核心--能源卫星SOL，A.E送来了最新的S高达。
第五十话B：圣战士·托德
贝斯特威尔军对第三新东京市发起了进攻，而其部队的核心，是生于美国的圣战士·托德。在翔的说得之下，托德终于决定加入，为保卫自己的家乡而战。
（如之前战斗中说得托德超过3次则托德加入）
（如之前战斗中说得托德少于3次则托德HYPER化）
第五十一话A：月面之梦
失去了培曾的教导团与激进组织“白色獠牙”联手夺取了联邦军的MS工厂。在工厂的夺还作战中，本来应该是友军的杰克斯突然倒戈，以桑古王国王子米利安多的身份开始反联邦的作战。
第五十一话B：最后的シ者
机械兽军团开始攻击第三新东京市，DC送来的新适格者渚薰也驾驶3号机加入战斗。而渚薰的真实身份却是最后的使徒。消灭全部的敌人后，他闯入NERV中央教条。在利利斯的面前，他要求追来的真嗣杀死自己……
（渚薰可用真嗣说得2次）
第五十二话：生命之花消失在火焰中
白色獠牙将一颗殖民卫星投向地球。围绕着卫星的阻止与反阻止，地球联邦军和白色獠牙投入了全部兵力进行决战。而出现在战场一角的，是亚加玛和5部来自卫星的高达……
战斗的结果是特列斯战死、米利安多失踪。而本来难以阻止的卫星则被突然出现的白河愁破坏。
（马宁古斯与格雷发生两次战斗的情况下，发生马宁古斯死亡事件）
（马宁古斯与格雷战斗一次后可说得格雷）
第五十三话：精灵凭依
在与白河愁的战斗中，大地的魔装机神扎姆吉特的机师里卡尔多为了掩护同伴而死亡，愤怒的正树发动了塞巴斯塔的“精灵凭依”并领悟了新的必杀技。遭到正树的攻击，机体严重受损的愁只得撤退。
第五十四话：惊异的超级机器人巴尔西昂
在地球联邦军兵力严重受损的情况下，DC总帅比安在白河愁的唆使下，发动了对全地球圈的侵略战争。
DC总帅驾驶超级机器人巴尔西昂出现在第三新东京市，贸然出击的明日香在他的精神攻击下崩溃。虽然只是展示实力，但巴尔西昂的强大已经在战士们的心中留下了阴影……
第五十五话：明镜止水
为了让自己获得更强的力量，多蒙来到基亚那高地修行。在修巴鲁茨的帮助下，他终于通过死的恐怖而领悟了武学的最高境界“明镜止水”。东方不败和恶魔高达突然出现，但被已经领悟了明镜止水的多蒙击退。
第五十六话A：复仇的骑士
曾经被翔打败过的贝斯特威尔军黑骑士巴恩指名找翔单挑，但仍然被打败。接着，东方不败出现，多蒙正欲与其战斗，恶魔高达却突然出现并发起了无差别攻击。危急中，东方不败使出了最终奥义“石破天惊拳”。亲眼目睹的多蒙也学会了此必杀技。
第五十六B话：“我们的战争”开始了
DC强制解散了机动战舰抚子的绝大多数成员。在亚加玛队的协助下，逃亡的抚子队成员们成功夺回了自己的战舰。此时，DC的大部队已经出发前往夺取火星上的玻色子遗迹。为了阻止DC得到遗迹，抚子和亚加玛飞上了宇宙。
第五十七话A：异乡人的挽歌
在与DC军的战斗中惨败的贝斯特威尔军集结了全部兵力攻击第三新东京市，但休特·威朋却突然将多雷古暗杀。失去首脑的贝斯特威尔军在亚加玛队的攻击下土崩瓦解。战斗后，奥古将最新的VF-11战斗机及机师勇·戴森送至亚加玛队。
第五十七话B：西罗克的冷笑
白鸟九十九成功说服了西罗克与亚加玛队进行和谈。但到达了木星军的旗舰“朱比特利斯”后才发现，西罗克根本只是想趁机夺取亚加玛队的武装，而白鸟九十九也被自己的密友月臣暗杀。在追踪前来的DC日本支部会长赤月指挥的抚子3号“鸢尾”的支援下，终于将身受重伤的白鸟送回了亚加玛。
（卡兹可说得萨拉一次）
（如运送白鸟的核战机在4回合内脱出则白鸟九十九不会死亡）
（如运送白鸟的核战机在4回合以上脱出则白鸟九十九死亡）
第五十八话A：虚伪的和平
波塞达军对地球发起了全面进攻。战斗中，天顶星人的旗舰基干率领舰队突然出现，并轻易消灭了波塞达军。原来，天顶星人的首领波特尔沙希望地球人能够利用手中的“文化”为其得到的一首“音乐”作词，以藉此消灭女性军团。
（如曾经发生马克斯和米利亚的事件，则米利亚加入）
第五十八话B：为了曾经相逢的你
为了夺取火星的遗迹，DC军与木星军在火星的上空展开了激战。亚加玛队和鸢尾为了不让双方得到遗迹而死守入口。在伊妮斯博士的帮助下，抚子利用玻色子跳跃将遗迹的核心带离了火星，但在跳跃中，天河明人和由利加却双双失踪。混战中西罗克被卡缪打倒，失去领导的木星军与DC军达成了停战协议。
（如白鸟九十九存活则可说得月臣）
（打倒西罗克时如凤死亡则发生卡缪崩溃事件，Z高达追加武器“WR突袭”，卡缪和花离队。）
（如卡缪崩溃、巴尼出击且巴尼的扎古存在，则发生将Z高达改造成Z扎古事件）
第五十九话：爱·还记得吗？
女性军团的首领拉普拉密斯对波特尔沙舰队发起了进攻。由于歌词仍未完成，波特尔沙决定独自对抗女性军团，并撕毁了与地球的和平协议。未沙惊异地发现小爱在火星遗迹交给伊妮斯博士的金属板正是这首歌原本的歌词。
在明美的歌声中，天顶星的战士们远古的记忆逐渐觉醒。在MACROSS和布利泰舰队的攻击下，波特尔沙终于和自己的野心一同消失在宇宙中。
第六十话：Ａｉｒ
DC唆使提坦斯的残党攻击第三新东京市的NERV总部。在死的恐怖面前，明日香领悟了A.T.FIELD的真正意义而觉醒，并将提坦斯军一扫而光。但DC立刻又投入了EVA量产机，并击溃了内部电源耗尽的二号机。在与火星遗迹核心的共鸣下，初号机解放了自己的全部力量，消灭了量产机。
（如选择“不激励真嗣”，则会发生“人类补完计划”事件，进入SUDDEN END 2）
第六十一话：晓之决战
亚加玛队利用火星遗迹的核心单元，越过重重防线直接跳跃到DC军的总部。出现在他们面前的，是恶魔高达军团。在修巴鲁茨的激励下，多蒙使出石破天惊拳消灭了恶魔高达。
而接着出现的，便是DC的总帅比安。在战士们的奋战下，比安终于被打倒。临死前，意识到自己错误的比安将地球托付给了战士们。
（多蒙可说得东方不败）
（如由多蒙打倒东方不败，且多蒙等级高于东方不败的情况下，东方不败不会死亡）
第六十二话：为了这颗星的明天
已经与地球签定了和平条约的木星帝国送来消息：直径相当于冥王星轨道的宇宙怪兽集团正在高速接近地球。为了消灭宇宙怪兽，亚加玛队制订了用在与波特尔沙舰队作战中大破的EXALION自沉，以产生巨大黑洞消灭宇宙怪兽的作战计划。
第六十三话：诸神之黄昏
消灭了宇宙怪兽之后，驾驶真·古兰修白河愁突然出现在战士们的面前。异常艰苦的战斗之后，战士们终于消灭了愁。但真·古兰修爆炸产生的重力旋涡也将战士们卷了进去……
第二章：不请自来的访客
第一话：黄金的骑士
被卷入时空乱流的亚加玛队坠落在玖卡星团。在他们的面前，青年整备士和FATIMA正被空中要塞追击。而出现在拔刀相助的亚加玛队旁边的，是黄金的电气骑士……
第二话：朱诺之雨
哈格达王朝联合周围10国对强大的寇拉斯王朝发动了侵攻。独自出来测试新MH“裘诺安”的寇拉斯III世遭到了佣兵布雷的袭击。虽然在亚加玛队的帮助下成功逃脱，但FATIMA乌利可儿却为了保护主人而死亡……
第三话：噩梦，再一次……
哈格达与寇拉斯的最终决战终于开始。布雷利用瞬间移动杀死了寇拉斯III世，但在与EVA初号机的共鸣下，失去骑士的裘诺安与FATIMA可罗索合为一体，以压倒性的优势消灭了布雷队。
战斗后，裘诺安与可罗索一同被封入格纳库，等待她的真正主人。
第四话：卡斯提波的刽子手
自由都市卡斯提波的郊外出现了袭击骑士的试刀手。接收委托前来调查的亚加玛队在库伯鲁坎的缪兹的帮助下消灭了试刀手依拉司教和梅优优的侦察部队。
第五话：生命之水
苏普在卡斯提波遭到寻找生命之水的军队袭击而失踪，A.K.D派出大军寻找。两军在卡斯提波一带的平原展开激战。偶然救助了苏普和A.T的亚加玛队也被卷入了战斗。
（如击坠空中要塞则发生夏夫特死亡事件）
（如爱夏或夏夫特击坠布拉弗多，则布拉弗多加入）
第六话：卡拉米迪爆发
宇宙怪兽集团出现并破坏了卡拉米迪。为了阻止它们继续攻击其他星球，天照决定将卡拉米迪星与宇宙怪兽一同摧毁。
战斗中，拉琪的K.O.G与亚加玛队被星球爆炸波及，再次被卷入时空乱流。
第七话：兰古兰动乱
亚加玛队意外地来到了拉·基亚斯。而神圣兰古兰由于国王的死亡，菲尔王子和卡克斯将军两派正进行激烈的斗争。被夹在中间的亚加玛队希望阻止冲突的激化，但却无从下手。
第八话：扎姆吉特复活
魔装机驾驶员贵家零加入。在战斗中，被卡克斯夺取的大地的魔装机神扎姆吉特与贵家零产生了共鸣。得到了新主人的扎姆吉特再次活跃在战场上。
第九话：复仇的少女
少女琉妮驾驶的女性型机动兵器“瓦尔西奥尼”出现在战士们面前。原来，她竟然是比安博士的独生女。同样被召唤到拉·基亚斯的她为了给父亲报仇，发起了猛攻。得知父亲的遗言之后，她放弃了复仇的念头，加入了众人。
第十话：古兰修再现
本来应该已死的白河愁突然出现在亚加玛队面前，并劫持走了第三王子泰利乌斯。他的复活在战士们的心中投下了阴影……
第十一话：被野心席卷的人
菲尔王子和卡克斯将军希望依靠超魔装机的力量，用武力强行统一兰古兰。为了阻止战争的扩大化，亚加玛队的战士们怀着复杂的心情，打倒了两人。
第十二话：邪神解放
解除了战争危急的亚加玛队得到消息说白河愁正在试图解放沉睡于地底的邪神。前来阻止的亚加玛队与魔神官卢奥祖率领的死灵兵团展开了激战。
第十三话：反逆
亚加玛队攻入神殿时，邪神已经被召唤出来。但出乎意料的时，白河愁的真正目的是亲手向控制自己意志的邪神复仇！激烈的战斗后邪神被消灭，而白河愁也独自踏上了旅途。
第十四话：月亮出来了吗？
重新回到地球的亚加玛队发现，他们在时空里游荡的这段时间里，地球已经经过了3年的时间。EXALION爆炸后的冲击波，以及之后的大战使美洲大陆成为了荒漠化的不毛之地。而活跃在这里的，是为了生存而战斗的猎人们。
猎人少年卡洛德·兰潜入陆地战舰“自由”号救出了叫做蒂珐的少女，但雇主却要杀死他灭口。在蒂珐的指引下，他得到了3年前大战的遗产--GX9900“高达X”。
在亚加玛队的援助下，卡洛德成功消灭了追兵。但木星帝国的特殊部队“贝斯帕”突然出现。为了帮助卡洛德，蒂珐运用自己的NEWTYPE能力与月面上的微波基地连线，GX发射了威力无穷的月光炮。蒂珐却因为太多人死去的精神力冲击而昏倒。
第十五话：卡沙尼里亚的少年
为了调查木星帝国活性化的真相，亚加玛队追踪贝斯帕来到了欧洲。在这里，民间组织利加·米利迪亚的运输队正遭到贝斯帕的袭击。而驾驶新型MS“V高达”出击的，是叫做胡索的少年。
在亚加玛队和利加·米利迪亚的修拉克队的支援下，贝斯帕仓皇撤退。但是，随同利加·米利迪亚一起行动的卡迪珍娜小姐却被贝斯帕的克鲁诺古俘虏。
第十六话：GERAT万能侠发进！
与联邦军总部取得联系的亚加玛队得知：1年前，木星帝国、新吉恩、机械兽军团等相继对地球联邦发起了攻击。从这些势力出现的时间上默契来看，一定有某种更强大的势力在幕后操纵。而调查这一切的任务就交到了亚加玛队头上。
破坏伯爵和高克大公率领的战斗兽集团袭击了光子力研究所，迎战的甲儿不敌战斗兽强大的力量。正当研究所危急之时，铁也驾驶着GERAT万能侠出现，打倒了战斗兽们。
第十七话：向着宇宙……
亚加玛队被改编成特殊部队朗特·贝尔，单独执行调查幕后真相的任务。布莱德决定兵分两路：新亚加玛、抚子和连贺斯Jr.前往宇宙调查木星帝国和新吉恩、而和两艘奥拉战舰则负责调查机械兽以及各势力的降下部队。
就在宇宙部队将要发射时，贝斯帕的部队再次出现。为了保卫将要发射的战舰，地上部队和拼命死守发射器，终于击退了敌人。
第十八话A：日轮之力
DC被消灭后，原来为DC投资的玛奥社、破岚财团等重组了新DC。为了求得新DC的协助，自由号来到了DC的日本支部。破岚财团的总裁万丈爽快地答应了请求，并亲自驾驶无敌机器人泰坦3加入。自由号在泰坦3和SRX小队的协助下消灭了在附近出没的机械兽。
第十八话B：宇宙海盗
运输船史迈希昂号遭到了宇宙海盗的袭击，搭乘此船的少年托比亚驾驶MS出击，但瞬间就被海盗的高达击败。不过奇怪的是，被击坠的MS里没有一人死亡。逃回船里的托比亚因为发现木星帝国秘密运载着的毒瓦斯而被导师（实际上是木星帝国特工）卡拉斯追杀，救了他的是海盗机师金凯杜。
接到史迈希昂号的求救信号赶到的朗特·贝尔在交战中发现：金凯杜就是3年前失踪的西布克，而海盗的舰长则是贝拉·罗那。
第十九话A：谋略之町
贝斯特威尔军的修特·威朋率领残余的圣战士部队袭击了光子力研究所。由于德克撒斯麦克成了人质，前去救援的自由号不得不面对早乙女米其鲁驾驶的盖塔Q。由于黑骑士阿兰潜入研究所，救出了麦克，修特的阴谋才告破灭。
（过版后盖塔Q仍存活则加入）
第十九话B：潜入
利用捕获的新吉恩MS，贝拉·罗那制订了潜入阿克西斯的计划。在计划的实施过程中，莉娜被爆炸的冲击波抛到了宇宙，被新吉恩的古雷米所救起。
为了潜入新吉恩的据点阿克西斯的捷度，遇到了一个奇怪的女孩普露。在普露的帮助下，被卡拉斯发现的他们成功逃出了阿克西斯。
（捷度说得普露后，普露撤退）
第二十话A：新的力量
贝斯帕袭击了北美的玛奥社本部，而守在那里的只有DC的PTX部队。为了对抗源源不断的贝斯帕MS，琳·玛奥与伊鲁姆启动了实验中的PT机“比修坎拜因”和“古伦加斯特”作战。很快，自由号赶到，击退了贝斯帕的部队。
第二十话B：哈曼之影
哈曼率领大部队降下地球，与朗特·贝尔在地球低轨道上展开激战。与哈曼联盟的巴顿财团以将鲁纳II投下地球为威胁，牵制住了朗特·贝尔和“消防员”的米利安多，降下了地球。在战斗中，希洛惊异地发现，敌人之中赫然有一直音信全无的五飞！
（捷度说得普露后，普露加入）
第二十一话A：我也是NEWTYPE
自由号遭到了NT机师卡里斯的袭击，卡洛德的X高达严重损坏，蒂珐也被劫持走。为了夺回蒂珐，自由号展开了对卡里斯所在的据点WOLT-SEVEN的攻击，被卡洛德打倒的卡里斯却驾驶着巨大MA“梭迪亚克”出现。在蒂珐的指引下，终于破坏了梭迪亚克，救出了卡里斯。
第二十一话B：莉娜的血
朗特·贝尔队前去夺还被新吉恩占领的达卡，而在战斗中，巴顿财团的部队突然与新吉恩反目，独自撤离了达卡。而哈曼的部队在激烈的战斗后也不得不放弃达卡退回宇宙。
但在战斗中，莉娜所在的房间被流弹命中，莉娜生死不明……
第二十二话：拉比昂洛斯
为了补充战力，朗特·贝尔队在拉比昂洛斯补充了GP-03、YF-19、ν高达等最新MS。
而此时袭来的，是本应早已离开地球圈的波塞达军。战斗中，白河愁再次出现，并帮助朗特·贝尔队消灭了敌人。
白河愁告诉众人：波塞达军的盟友，异星人部队“GUEST”正在接近地球。而现在地球上的兵力是无法阻止GUEST的侵略的。
第二十三话：提坦斯复辟
巴顿财团的部队占领了布鲁塞尔的地球联邦议会，以特列斯女儿玛丽梅亚的名义收罗了大量提坦斯残党，宣布重建提坦斯。地球联邦议会的势力被推翻，新提坦斯成为了代表地球的正统政府。
新提坦斯的部队对SIDE-7发动了攻击，而守卫在那里的，是原抚子所属的凉子队。就在凉子队陷入绝境之时，朗特·贝尔队出现，击退了新提坦斯。
在战斗中，一部神秘的机动兵器“黑百合”出现，在帮助朗特·贝尔消灭了敌人之后，又谜一样地消失了。
第二十四话：强袭！阻止限界点！
新吉恩的夏亚排除了阿克西斯的哈曼派系势力，开始实施“地球寒冷化作战”，计划将鲁纳II投下地球。而新提坦斯的部队则拦在了他们的面前。两大势力与朗特·贝尔队展开了三方的混战。战斗中，新吉恩的西玛杀死了迪拉兹少将，投靠了新提坦斯。
（如凯利在队中可说得卡多）
（宏与卡多交战，发生原作剧情）
（阿姆罗可说得夏亚）
（如塞拉在队中可说得夏亚）
（哈撒威可以说得珂丝）
（宏驾驶GP-03与西玛战斗可获得新武器“0距离BEAM炮”）
（巴宁格与西玛战斗2次以上的情况下，发生巴宁格死亡事件）
第二十五话：GUEST出现
白河愁送来情报：GUEST的前锋舰队已经在火星圈建立了基地，并开始逐渐集结。但朗特·贝尔队却忙于与新吉恩与新提坦斯周旋而无法抽身调查GUEST。
在与新吉恩的马士文战斗的过程中，GUEST的军官梅克波斯率部出现，其中包括兽战机队失踪的教官加比罗。被朗特·贝尔打败的梅克波斯在与白河愁等人接触后了解了GUEST上层的野心，对朗特·贝尔表示友好后独自离去。
第二十六话：逆袭的夏亚
夏亚的“地球寒冷化作战”进入最终阶段--将阿克西斯投下地球。而新提坦斯的拦截部队在NT部队的攻击下灰飞烟灭。此时能阻止夏亚的，就只有阿姆罗和朗特·贝尔了。
激烈的战斗之后，下坠的阿克西斯终于被NEWTYPE们共鸣的力量所阻止。
（如拉拉未死亡、塞拉在队中、且第一章45话由夏亚进行演讲的情况下，由阿姆罗和塞拉分别说得夏亚。此时拉拉会作为我方援军出现，再由拉拉说得夏亚。之后由阿姆罗击坠夏亚，则战斗结束后夏亚和拉拉会加入。）
（在拉拉未说得夏亚的情况下由阿姆罗以外的人击坠夏亚，则拉拉会成为敌人。）
（在拉拉死亡的情况下由阿姆罗击坠夏亚，则会发生原作情节。）
（如未发生原作情节，则发生MACROSS以主炮破坏阿克西斯的情节）
（如在未满足夏亚加入的情况下击坠珂丝且哈撒威在战场上，则珍死亡、哈撒威成为中立单位并于战斗结束后从机师名单里抹消）
（如之前说得过珂丝，则哈撒威和阿姆罗可分别说得珂丝加入）
（如夏亚加入且珂丝未死亡，则珂丝加入）
（如珂丝加入，则邱尼加入）
（捷度和普露可分别说得普露茨）
（如夏亚和邱尼加入则发生强化巴尼事件）
第二十七话：解开的封印
光子力研究所发生了实验事故，旧盖塔在做盖塔线增幅实验时发生变异，成为了魔神--真盖塔。就在龙马等人讨论此事之时，机械兽军团袭来并破坏了停放盖塔G的格纳库。龙马等人只得乘坐性能还是未知数的真盖塔出击。
（如本话巴尼出击且巴尼的扎古存在，则过关后发生巴尼用盖塔照射扎古的剧情，扎古进化为B3老虎）
第二十八话：MACROSS的挽歌
修特·威朋率领贝斯特威尔军的全部残余势力对MACROSS市发起了总攻击，意图夺取MACROSS以东山再起。但由于朗特·贝尔队的全力守护，修特·威朋的部队全军覆没。修特本人以座舰对MACROSS特攻，两艘战舰同归于尽。而原MACROSS的成员则全部转属朗特·贝尔队。
第二十九话：Lorelai之海
DC的情报机构探察到新提坦斯正在太平洋某岛屿进行新MS实验，于是朗特·贝尔队前来进行调查。蒂珐突然被自称“露琪露”的人格所附着，而加米鲁似乎与露琪露曾经熟识。
潜入基地的卡洛德成功夺取了新提坦斯的高达DX。在露琪露召唤出来的G-BIT的援助下，朗特·贝尔摧毁了新提坦斯的基地。而此时，驾驶黑百合的天河明人出现在朗特·贝尔的面前。
（如GX的HP降至50%以下，则发生G-BIT事件）
（战斗结束后没有被击坠的G-BIT会加入）
（战斗结束后艾尼鲁未被击坠则会加入）
第三十话：不能重逢的预感
与天河明人接触后，朗特·贝尔了解到GUEST与木星联军正在火星遗迹进行某种计划。而同时，为了报夺取DX的一箭之仇的新提坦斯军对朗特·贝尔发起了突然攻击。在战斗中，新吉恩的古雷米趁乱潜入自由号，掳走了蒂珐。
第三十一话：飞吧，战士
为了追回蒂珐，新亚加玛和抚子将要打上宇宙。而暗黑大将军的机械兽部队和新提坦斯的部队先后袭来。为了掩护两艘战舰的打上，地面部队的战士们拼命阻止了敌人的攻击。
第三十二话A：阿曼达拉·卡曼达拉
打上宇宙的新·亚加玛接受到了求救信号，信号的发送者是潘塔哥那星团的武器商人阿曼达拉·卡曼达拉。击退攻击阿曼达拉的新吉恩军后，为了表示谢意，阿曼达拉无偿提供给新·亚加玛两部新型HM。而塔巴还得知自己失散的妹妹奥丽比也在波塞达军内。
（本话结束后，根据阿曼达拉座舰的损伤程度，最多可以得到100000资金的谢礼）
第三十二话B：魔神觉醒
地狱博士的机械兽军团在与新提坦斯的战斗中大败，损失惨重。为了挽回败局，地狱博士亲自率领剩余的机械兽军团袭击了光子力研究所。出击的甲儿被破坏伯爵的电磁光线偷袭，万能侠Z严重损坏。而铁也等人又被机械兽部队阻截住，无法前来救援。
危急时刻，封印在研究所深处的魔神皇帝与真·盖塔产生共鸣并自动启动。驾驶上魔神皇帝的甲儿彻底打倒了地狱博士。
第三十三话A：翻展的叛旗
波塞达军的总帅波塞达尔亲率大军包围了朗特·贝尔。在战斗中，塔巴冲入敌人母舰，救出了奥丽比。而敌军将领基瓦撒也同时以反对波塞达尔独裁为名发动叛变。同时一位名叫布拉特的HM机师也在寻求朗特·贝尔的帮助。趁波塞达尔忙于处理内乱的机会，朗特·贝尔成功脱离了包围圈。
（塔巴接触基瓦撒的母舰后，发生奥丽比救出事件）
（布拉特被击坠的情况下，布拉特死亡）
第三十三话B：火星的继承者
木星帝国利用火星遗迹的力量，将大量部队送往地球。在北美的DC支部，自由号和PTX小队共同对抗木星帝国源源不断的攻击。由于一部未知MS从大气层外进行的超高空狙击，DC支部被摧毁。而所有人员则搭乘自由号等战舰撤离。
第三十四话：防卫线突破作战
在宇宙合流的朗特·贝尔对火星遗迹发起了全面攻击。在贝拉的海盗部队以及天河明人的支援下，朗特·贝尔打倒了木星帝国的守卫部队，成功入了建立在遗迹上的基地。
但是，这只是个陷阱，基地的自爆装置已经打开。就在爆炸发生前一瞬间，原本搭乘海盗母舰的少女贝娜蒂输入了密码，解除了自爆程式。原来，贝娜蒂正是木星帝国领导人卡加奇的女儿。
在调查基地内部的设施时，朗特·贝尔的成员们赫然发现了培养槽里尚未成型的西罗克的复制体！
（卡兹可说得萨拉）
（托比亚可说得巴恩斯）
（胡索可以说得卡迪珍娜）
第三十五话：叛乱
GUEST河木星帝国的联合部队包围了遗迹，而SRX小队的教官英格拉姆以及海盗部队的萨比尼也于内部发动叛乱，将贝娜蒂和夏珂蒂掳走。面对敌人的重重包围，救出了由利加的天河明人启动了火星遗迹的跳跃装置，将朗特·贝尔队传送回地球圈。
（托比亚可说得巴恩斯）
（胡索可以说得卡迪珍娜）
（如奥利法与克鲁诺古母舰战斗，则发生奥利法特攻事件）
第三十六话：女孩子们的战争
新吉恩与新提坦斯为夺取月面的微波基地在宇宙展开全面会战，双方分别以美妮瓦和玛丽梅亚的名义发表演说。跳跃回地球的朗特·贝尔出现在两军之间，于是两军对朗特·贝尔发起了无差别攻击。恢复健康的卡缪驾驶Z-II出现并加入战斗。卡洛德则驾驶DX突袭新吉恩的旗舰，救出了蒂珐。
（如第一章发生卡缪崩溃情节则卡缪、花加入）
（如露莎美未死亡则可用卡缪说得后加入）
（捷度和普露可各说得普露茨一次，普露茨撤退）
（卡洛德攻击萨达兰一次，发生蒂珐救出情节，蒂珐成为副机师）
（如蒂珐救出，则进入路线A）
（如蒂珐未救出，则进入路线B）
第三十七话A：D.O.M.E的召唤
新吉恩和新提坦斯的部队遭到守卫微波基地的G-BIT部队攻击，损失惨重。蒂珐与微波基地的D.O.M.E取得了联系，朗特·贝尔队在G-BIT的掩护下进入了基地，与NEWTYPE的精神“D.O.M.E”接触。
第三十七话B：月面的亡灵
朗特·贝尔队遭到守卫微波基地的G-BIT部队的拦截。经过艰苦的战斗后，新·亚加玛终于突破防卫线，进入了基地。在基地内，朗特·贝尔队得以与NEWTYPE的精神“D.O.M.E”接触。
第三十八话：神鸟龙飞
从微波基地脱出的朗特·贝尔遭到了新提坦斯和新吉恩的双重截击。而新提坦斯部队中YF-21的机师赫然是勇的宿敌加鲁特！两架最新锐的YF战斗机经过激烈的缠斗后，加鲁特由于精神制御系统的故障而撤退，而勇则领悟了必杀技“神鸟龙飞”。
（勇可以说得加鲁特）
（勇与加鲁特发生2次战斗后追加武器“神鸟龙飞”）
第三十九话：战士，再次……
趁新吉恩发生内乱的机会，朗特·贝尔队新吉恩的本处地SIDE-3发动了全面进攻。哈曼和古雷米一方面要应付对方的攻击，一方面又要与朗特·贝尔作战。战斗的结果是古雷米阵亡，哈曼失踪。
（捷度可以说得哈曼）
（夏亚可以说得哈曼）
（捷度说得普露茨后将其击坠，则普露茨加入）
（如36话未发生蒂珐救出情节，则蒂珐会被帕拉救出）
第四十话：DOUBLE FAKE
波塞达军的叛乱已经基本平定，基瓦撒率领少数残部逃至月球轨道。而波塞达尔也追击而至。为了避免双方逐渐扩大的战斗将殖民地卷入，朗特·贝尔对波塞达尔发起了攻击。
击败了波塞达尔之后，但武器商人阿曼达拉突然出现，并露出了真面目：原来他才是真正的波塞达尔，朗特·贝尔打倒的不过是影武者。此时影武者波塞达尔在布拉特的劝说下也恢复了自我，开始攻击剥夺自己记忆和人格的阿曼达拉。激烈的战斗后，朗特·贝尔终于打倒了阿曼达拉。
（波塞达尔的HP20%以下的情况下，布拉特可说得波塞达尔，发生波塞达尔恢复人格事件。波塞达尔、阿顿、西基拉成为味方NPC。）
（如果奥丽比救出成功，则加布利作为味方单位出现，否则为敌人。）
第四十一话：希望之灯尚未熄灭
将要降下地球的朗特·贝尔队被联邦军驻鲁纳II的哈里森上尉率领的F91队包围，理由是“讨伐宇宙海盗朗特·贝尔”。朗特·贝尔正要进行解释时，萨比尼驾驶海盗高达X-2攻击了联邦军。认定“海盗的高达进行了抵抗”的哈里森开始与木星军联手攻击朗特·贝尔，而此时，卡里斯出现，将朗特·贝尔救出困境。但海盗母舰却被击坠落入大气层。
（西布克可说得哈里森）
（西布克将哈里森HP打至30%以下会发生原作情节）
（托比亚可说得巴恩斯）
第四十二话：特异点，崩坏
GUEST军总司令官萨萨纳恩亲自降落地球，此时出现在他面前的是白河愁。洞悉了萨萨纳恩利用因果律分散地球抵抗力量的野心的白河愁和随后赶到的朗特·贝尔与萨萨纳恩的部队展开了激战。萨萨纳恩见占不到什么便宜，加上新提坦斯的部队在背后牵制，只得暂时脱离地球。
（如玛姬尔达未死亡且哈萨威在队中，则此话结束后可得到Ξ高达）
（如玛姬尔达未死亡且哈萨威不在队中，则此话结束后可得到量产ν高达）
第四十三话：愚者的祭典
新提坦斯准备以莉丽娜女王为傀儡，宣布举行世界国家成立庆典。为了阻止新提坦斯利用莉丽娜收买人心，朗特·贝尔对庆典会场发动了攻击。在与先遣队的勇的战斗中，加鲁特回忆起两人学生时代的快乐时光，找回了被新提坦斯封印的记忆。新提坦斯派出了新式无人战斗机“GHOST X-9”，为了打倒GHOST，加鲁特毅然发动了舍身攻击……
（勇与加鲁特发生战斗2次，且双方都存活的情况下发生原作情节，加鲁特成为味方）
（本队到达前加鲁特被击坠则死亡）
第四十四话：ENDLESS WALTS
失去了势力的新提坦斯撤退到布鲁塞尔死守，而朗特·贝尔也随后而至。在与希洛战斗的过程中，张五飞认识到了自己观念的错误。
虽然消灭了毒蛇部队，但朗特·贝尔却拿总统府的3重防护墙无可奈何。最终，希洛用WING ZERO的主炮击穿了防护墙，新提坦斯灭坏。
（希洛与五飞战斗2次后说得，五飞成为味方）
（如第一章45话由特列斯演讲，则可得到托鲁杰斯II和EYPON）
第四十五话：迷走的巨人
屡战屡败的暗黑大将军率领地下帝国的全部兵力对朗特·贝尔发起了最后进攻。黄金骑士K.O.G突然出现在战斗中，并打倒了暗黑大将军。之后，再次消失在时空的夹缝里。
（在其他敌人全灭的情况下，将暗黑大将军的HP降至10%，则发生K.O.G出现事件）
第四十六话：绿野激战
坠落于地球上的托比亚遭到了木星军“死亡旋风”队的袭击，孤立无援的他只得独自应战。在突然出现的西布克以及海盗舰队同伴的帮助下，打败了死亡旋风队。对托比亚一直有好感的巴恩斯上尉则告诉托比亚木星军的巨大要塞“凯罗天使”正接近地球的情报。为了迎击凯罗天使，海盗部队占领了联邦军的火箭发射基地，准备从此处直接打上宇宙。
（托比亚可说得巴恩斯）
（若说得巴恩斯超过3次，则战斗后巴恩斯加入）
第四十七话：燃烧的宇宙
凯罗天使到达地球圈，并对地球进行持续精神波照射。由于守备森严，朗特·贝尔始终无法接触到凯罗天使的本体。正在此时，海盗部队的MS从地球来到宇宙，并从死角对凯罗天使发动了攻击。被施加了精神控制的贝娜蒂驾驶MA出击，被托比亚所救。
在朗特·贝尔的猛攻下，受到损伤的凯罗天使降下了地球。
（如第一章中贝拉说得德列尔2此、萨比尼1次的情况下，德列尔作为味方增援出现）
（德列尔、贝拉分别说得萨比尼一次，之后由西布克击坠萨比尼，则战斗结束后萨比尼加入）
（西布克曾经说得哈里森，并发生原作情节的情况下，哈里森部队作为援军登场。战斗结束后哈里森加入，并得到F91和F90。）
（托比亚说得贝娜蒂后攻击MA，发生贝娜蒂救出情节）
（胡索可以说得卡迪珍娜）
（卡兹可说得萨拉）
（托比亚将卡拉斯的HP打至30%且托比亚的等级高于卡拉斯的情况下，卡拉斯成为味方NPC）
第四十八话：天使们的升天
追击凯罗天使到达地球的朗特·贝尔队与木星帝国的残余势力展开了决战。战斗中，木星帝国派出了西罗克复制品部队。激烈的战斗后，木星帝国的领导层全灭，凯罗天使则在夏珂蒂的祈祷下将残余的部队带回了木星圈。
（在克鲁诺古未死亡的情况下，胡索可以说得卡迪珍娜）
（在克鲁诺古未死亡的情况下，玛贝特可以说得卡迪珍娜）
（在卡迪珍娜被说得超过4次，不击坠克鲁诺古的情况下击坠卡迪珍娜，则战斗结束后卡迪珍娜加入）
（卡兹说得萨拉超过3次的情况下，萨拉加入，可得到THE·O）
第四十九话：恐怖与恐慌的狭间
在朗特·贝尔与GUEST的战斗中，梅克波斯再次出现。他带来了母星枢密院的命令“由地球撤军”。但萨萨纳恩却因为自己的野心而拒绝此命令。
第五十话：激震红色大地
朗特·贝尔攻入了萨萨纳恩在火星上的基地，双方展开了最后决战。为了报被萨萨纳恩利用的一箭之仇的白河愁也出现在此地。最终，萨萨纳恩被自己的野心所断送，死在异乡的红色大地上。而英格拉姆、尤塞斯等人则率领残部逃到了木星圈以外，危机暂时解除。
（如49话在三将军撤退之前始终不主动攻击，则此话可由梅克波斯说得三将军。说得任意一人之后3人成为味方NPC）
（如发生波塞达尔恢复人格事件，则波塞达尔、阿顿、西基拉作为味方NPC登场）
（如曾以凯利说得卡多，并发生全部相关原作剧情，则卡多、卡留斯作为味方NPC登场，战斗结束后如未被击坠则加入）
（如完成全部与哈蔓有关说得和剧情，则哈曼率领新吉恩部队作为味方NPC登场，战斗结束后哈曼如未被击坠则加入）
（东方不败未死亡的情况下，东方不败作为味方NPC登场，战斗结束后如未被击坠则加入）
（在马宁古斯说得格雷，且马宁古斯未死亡的情况下，格雷作为味方NPC登场，战斗结束后如未被击坠则加入，得到高达MK-V）
（如莱拉、卡克利肯、玛瓦均未死亡的情况下，杰利特、莱拉、卡克利肯、玛瓦作为味方NPC登场，战斗结束后如未被击坠则加入）
（如巴武藏未死亡，则作为味方援军登场，战斗结束后加入）
（战斗结束后选择：1、随本队追击GUEST军=进入路线A；2、随正树到拉·基亚斯=进入路线B）
第五十一话A：漆黑的天使来了
追击GUEST军的朗特·贝尔遭到了英格拉姆的拦截，他驾驶的机动兵器“黑天使”是拥有和古兰修一样力量的恐怖武器。龙圣启动了SRX的合体程式，3机合体的SRX击退了英格拉姆。
第五十一话B：普雷西亚参上！
解除了地球的危机之后，正树等人回到拉·基亚斯，处理动乱之后留下的各种事务。而正树的义妹普雷西亚也成为魔装机正式驾驶员，协助正树等退治四处出没的石像鬼。
第五十二话A：神之国的诱惑
出来侦察的彩、沙罗、玲等人遭到了GUEST军的袭击，并被英格拉姆掳走。而随后赶到的朗特·贝尔队却被一个名叫雷比的少女机师拖住。战斗中，龙圣发现雷比的精神力十分混乱，似乎被什么东西所操纵。
（龙圣 和雷比战斗后发生剧情）
第五十二话B：脱走兵
邻国巴格尼亚的军官拉塞兹对兰古兰发动了侵略，反对侵略计划的罗德尼将军被软禁，他的副官艾利丝则前来独自寻求魔装机神的帮助。帮助艾利丝击退追兵后，正树等人答应了协助营救罗德尼的请求。
第五十三话A：CROSS TARGET
朗特·贝尔追上了尤塞斯的部队，但彩、沙罗和玲却被施加了精神控制成为敌人。在龙圣、忍的努力下，彩和沙罗恢复了人格，但玲却被尤塞斯所带走。
（龙圣 可以说得雷比）
第五十三话B：恶鬼拉塞兹
正树等人来到罗德尼将军被软禁的地点，但将军在拉塞兹的胁迫下却不得不攻击前来营救自己的正树等人。正树打倒了驾驶超魔装机艾利奥特的拉塞兹，成功救出了将军。
（将罗德尼以外的敌人全部打倒后，罗德尼成为味方）
第五十四话A：GEAR OF DESTINY
朗特·贝尔来到了被GUEST军盘踞的木星圈小行星要塞“伊奥”，而木星帝国、新吉恩和波塞达军的残党们也与其联手，准备利用GUEST的力量与朗特·贝尔决一死战。
击退了迎击的敌人之后，被精神控制的玲所驾驶的恶魔高达出现，并将整个要塞侵蚀成了自己的一部分。面对空前强大的恶魔高达，朗特·贝尔决定暂时撤退。
（卡迪珍娜可以说得克鲁诺古）
（龙圣 可以说得雷比）
第五十四话B：第17个魔装机
温迪制造出了第17部魔装机“伊斯美尔”，但在制造的过程中，她体内的另一人格“蒂狄”却控制了伊斯美尔，并对王都发起无差别攻击。正树等人成功说得温迪，恢复了正常人格。
（正树和琉妮分别说得温迪的情况下，温迪恢复正常人格）
（击坠伊斯美尔的情况下，温迪死亡）
（如温迪未死亡，则魔装机可以得到新必杀技）
第五十五话A：失败者们的凯歌
为了救出玲，多蒙离开朗特·贝尔独自来到伊奥。在东方不败的教导下，两人使出“究极石破天惊拳”打倒恶魔高达，救出了玲。
GUEST与其他残余势力的部队再次出现，但最终还是被朗特·贝尔所消灭，尤塞斯和英格拉姆两人率领少数亲卫队逃脱。
（如东方不败不在队中，则发生“石破LOVE-LOVE天惊拳”事件）
（龙圣 可以说得雷比，说得及发生剧情超过3次则战斗后雷比加入）
第五十五话B：再会白河愁
白河愁再次出现。他告诉正树，魔神官卢奥祖仍然活着，而且正在秘密进行邪神的复活仪式。而当正树等人来到邪神神殿之后，白河愁却因为卢奥祖的秘术迷失了自我。在正树的说得之下，白河愁终于再次恢复自我，并彻底打倒了卢奥祖。
（如说得白河愁，则白河愁驾驶真·古兰修成为味方）
（如打倒白河愁，则过版后白河愁驾驶古兰修成为味方）
第五十六话：钢之魂
朗特·贝尔与尤塞斯展开最后决战，而正树和白河愁也及时赶到。战斗中，龙圣成功说得了被控制人格的英格拉姆。而尤塞斯则为自己的野心付出了代价。
（龙圣说得英格拉姆的情况下，英格拉姆加入）
（龙圣说得英格拉姆，且雷比不在队中的情况下，战斗后威雷塔加入）
第五十七话：人类已经无路可逃
到达银河系中心的朗特·贝尔，遭到了宇宙怪兽集团的攻击。在与EXALION舰队合流之前，朗特·贝尔拼命死守住了钢巴斯塔3号。而梅克波斯和波塞达尔也率领部队前来，共同消灭这个“全宇宙的天敌”。
（如曾说得GUEST三将军。则三将军作为味方NPC登场）
（如发生波塞达尔恢复人格事件，则波塞达尔率领波塞达军作为味方NPC登场）
第五十八话：和大家过相同的时间
黑洞炸弹布置完毕，但到达临界点还需要10分钟的时间。于是朗特·贝尔和EXALION舰队在这10分钟内，不惜代价地守住了钢巴斯塔3号。
钢巴斯塔3号成功引爆，消灭了宇宙怪兽。而朗特·贝尔则与钢巴斯塔一同踏上了漫长的回归之旅……
（本话NPC兵力延续上一话）
（如钢巴斯塔3号的HP降至75%以下，则发生原作剧情，典子用钢巴斯塔1号的缩退炉引爆钢巴斯塔3号）
第三章：时空的旅者
第一话：大侵攻
在时空游荡的朗特·贝尔再次来到了玖卡星团。此时，A.K.D的天照正在发动对全星团的大侵攻。朗特·贝尔救起了一位被AKD追杀的自称寇拉斯VI世的青年，而令人惊讶的是，他与塔巴王子居然长得一模一样！
第二话：黑骑士之歌
寇拉斯王朝的黑骑士被幻象骑士凯瑞尔所追杀，就在黑骑士就要被破坏的时刻，朗特·贝尔在寇拉斯VI世的指引下及时赶到，打败AKD的部队救出了黑骑士。
（如黑骑士在朗特·贝尔赶到之前被击坠，则黑骑士死亡）
（如黑骑士未死亡则加入）
第三话：反抗军
朗特·贝尔与朱诺的反天照势力合流，而AKD大军也于此时包围了反抗军营地。激战后反抗军损失惨重，残余的反抗军部队在朗特·贝尔的掩护下侥幸逃脱。
（如黑骑士未死亡则进入路线A，否则进入路线B）
第四话A：睡魔女之谷
朗特·贝尔在黑骑士的指引下来到了隐藏裘诺安和可罗索的山谷。守卫在这里的，是在魔导士秘术下复活的亡灵骑士团。为了考验寇拉斯VI世是否是真正可以继承裘诺安和可罗索的王者，亡灵骑士们发起了攻击。
第四话B：逃亡的女骑士
朗特·贝尔遇到了被追杀的哈斯哈宫殿骑士雅珀，帮助她消灭了追兵之后，雅珀也加入了反抗军。
第五话A：苏醒的可罗索
追踪朗特·贝尔而来的A.K.D包围了山谷。在VI世唤醒裘诺安和可罗索之前，朗特·贝尔只得死守山谷。很快，成功继承了裘诺安和可罗索的VI世出击，在朗特·贝尔的支援下击退了A.K.D军。
第五话B：火焰女皇
朗特·贝尔再次被A.K.D军包围，座机被破坏的雅珀感受到了来自附近的召唤，驾驶沉睡在地下的MH“火焰女皇”消灭了追兵。战斗结束后，幻象骑士雅特拉加入队伍。
第六话A：血之十字架
A.K.D军趁黑夜突袭了朗特·贝尔。就在母舰将要被击坠之时，幻象骑士雅特拉突然叛变转而协助朗特·贝尔作战。战斗结束后，逃亡的哈斯哈宫殿骑士雅珀加入队伍。
第六话B：睡魔女之谷
朗特·贝尔在火焰女皇的引导下来到了隐藏裘诺安和可罗索的山谷。守卫在这里的，是在魔导士秘术下复活的亡灵骑士团。为了考验寇拉斯VI世是否是真正可以继承裘诺安和可罗索的王者，亡灵骑士们发起了攻击。
击败亡灵骑士们后，VI世名正言顺地成为了裘诺安和可罗索的主人。
第七话：朱诺解放作战
在VI世的号召下，朱诺的反抗军对A.K.D军展开了全面反击。而VI世和朗特·贝尔则对A.K.D朱诺方面军的总指挥部寇拉斯王城展开了突袭作战。经过激烈的战斗，终于消灭了守卫王城的天帝骑士团。
第八话：目标是蒂尔塔·贝伦
作为反抗军的骨干，朗特·贝尔制订了突袭蒂尔塔·贝伦上A.K.D的首都--空中宫殿的计划。在向蒂尔塔·贝伦航行的过程中，遭到了A.K.D军轨道舰队的拦截。
第九话：剑圣的后继者
突破了防卫线，在蒂尔塔·贝伦成功登陆的朗特·贝尔再次遭到A.K.D军的阻击。由于是敌人的母星，抵抗力量也要比朱诺强不少。战斗中，自称莳子的少年驾驶MH“修佩鲁塔”出现，并帮助朗特·贝尔消灭了敌人。
第十话：空中宫殿攻略
朗特·贝尔终于成功到达空中宫殿，但守卫在这里的宫殿骑士团也要比以往的敌人强大许多。宫殿骑士团被消灭后，朗特·贝尔登上了空中宫殿。而等待着他们的是驾驶黄金骑士II号的尤庞德拉率领的血色宫殿骑士。
第十一话：噩梦终结
守卫空中宫殿的血色宫殿骑士虽然十分强大，但在突然出现的F.U.罗格纳的支援下，朗特·贝尔仍然消灭了全部敌人。另一方面，寇拉斯VI世与尤庞德拉的单挑也分出了结果--从被破坏的黄金骑士II和裘诺安里解放出来的阿特洛玻斯和可罗索拥抱在一起--噩梦结束了。
得知朗特·贝尔曾经在地球上遇到过失踪的拉克西斯，天照决定与朗特·贝尔一同去地球圈进行调查。
（如第二章45话发生K.O.G事件，则天照、爱夏、罗格纳、凯瑞尔加入。如夏夫特未死亡也加入）
第十二话：传说的巨神·发动
在天照的帮助下，朗特·贝尔再次踏上了回归地球的旅途。而在行星安德鲁美达停泊时，发生了异星人袭击当地的地球移民事件。战斗中，移民少年科斯莫开动了从遗迹里发掘出来的巨大机器人“巨神伊汀”击退了敌人，同时也俘虏了异星人少女卡拉。而作为同样是地球人的朗特·贝尔自然要义不容辞地答应护送科斯莫乘坐的索洛号回归地球。
第十三话：逃亡的索洛号
朗特·贝尔被妄图夺取伊汀的异星人“巴库兰机动兵团”赶上，双方展开激战。战斗中，遭到脑波攻击的伊汀自动发动了强力武器“伊汀之剑”，消灭了敌人。
第十四话：基杰的执念
被打倒的巴库兰军官基杰再次袭来，但仍然不敌伊汀的力量。而被击坠的基杰更是被长官达米多抛弃，心怀怨恨的他独自潜入了索洛号。
第十五话：无限的伊汀传说
由基杰处得知，伊汀拥有一种丝毫不亚于天照的“神力”的神秘能量“伊汀之力”。同时基杰表示想要志愿成为伊汀的副机师，虽然对他还不是很信任，但大家还是答应了他的请求。而在漫长的旅途中，卡拉也逐渐对索洛号的舰长贝斯产生了感情。
巴库兰军再次出现，面对打不完的敌人，伊汀再次自动发动“伊汀之剑”消灭了追兵。
第十六话：背叛的月面都市
好不容易回到了地球圈的朗特·贝尔，却发现熟悉的殖民地已经全部不存在了。之后，一支陌生的MS部队从月球方向出现，对朗特·贝尔发动了攻击。
第十七话：遥远的时空的彼方
消灭了来自月球的MS部队后，朗特·贝尔成功降下地球。但他们惊异地发现，地球上的科技“倒退”到了公元20世纪初。降落的朗特·贝尔被当地驻军当作侵略者驱逐，由于对手都是一些不堪一击的旧式飞机而无法还击的朗特·贝尔只得退到无人居住的荒山之中。
根据白河愁的分析，由于朗特·贝尔经过长期的光速飞行，根据相对论，地球上已经经过了14000年的时光！而现在所见到的落后文明，实际上是宇宙世纪一个或数个世代之后重新开始的新文明。
第十八话：对着月亮喊叫
为了不引起恐慌，朗特·贝尔的众人将母舰和机动兵器隐藏在山中，分头以普通居民的身份去附近的域辛镇收集情报以及生活用品。
当晚，域辛镇举行了盛大的成年仪式。而同时，曾经在月球轨道上袭击朗特·贝尔的神秘MS部队降下，对附近的英格利撒领首府诺克斯市发起突袭。域辛镇郊外的神像“白色巨神”突然崩溃，出现在里面的是白色的MS。
在偶然乘坐上白色巨神的少年罗兰以及朗特·贝尔的抵抗下，来自月球的部队“迪亚娜回归军”只得暂时后退。
第十九话：迪亚娜降临
英格利撒市民军在白色巨神出现的山附近发现了埋藏在地下的MS“卡普鲁”，
发掘后进行了大量装备。英格利撒领主高安·莱福特也与朗特·贝尔进行了接触，并说服朗特·贝尔帮助自己抵抗回归军的侵略。布莱德答应了他德请求。
回归军领袖，月球女王迪亚娜降落了地球。同时，一队不知所属的市民军部队突袭了会场。朗特·贝尔和迪亚娜亲卫队击退了敌人之后，亲卫队长哈利中尉发现，市民军部队似乎是月之民假扮的。
第二十话：白色恶魔
回归军与市民军签定了停战协议。但是，从月球秘密送来的柯连军曹却对白色巨神发动了攻击。而他对白色巨神的称呼是“高达”。
（迪亚娜可说得柯连）
第二十一话：百年之恋
与姬艾露互换身份的迪亚娜遇到了曾经与自己相恋的威尔基姆的后人。而威尔基姆正在发掘战舰“拉·凯拉姆”，希望靠它登上月球证实祖先的爱情故事。
为了能够发掘出宇宙船，威尔基姆决定寻求回归军得帮助。但回归军只是想利用他。
在山谷的发掘现场，与波鲁加纳市民军“西塞德队”合流的朗特·贝尔与回归军发生了激烈的战斗。在迪亚娜的劝说下，威尔基姆终于意识到回归军并不能帮助自己实现理想。
（迪亚娜可说得威尔基姆加入）
第二十二话：焚天之剑
回归军发掘出了搭载核弹的GP-02，而不知核弹厉害的西塞德队也同时对发掘工地发起攻击。在及时赶到的朗特·贝尔的努力下，终于阻止了核弹的爆炸。
（如GP-02被破坏则发生卡巴死亡事件）
第二十二话：飞向宇宙
回归军内部发生政变，哈利将替身姬艾露送到朗特·贝尔作为疑阵，而真正的迪亚娜则被回归军内的强硬派送回月球。为了避免战争扩大化，朗特·贝尔决定去月球进行直接谈判。
由于无法确定哪一个迪亚娜是真身，回归军部队开始攻击将要打上宇宙的朗特·贝尔，意图掳走姬艾露。但在朗特·贝尔的努力阻止下终于失败。
第二十三话：不受欢迎的客人
打上宇宙的朗特·贝尔，却卷入了巴库兰军与月球的金卡那姆舰队的战斗，三方展开了大混战。在战斗中，哈利趁乱将姬艾露带走，想用她换回真正的迪亚娜。同时，迪亚娜也在忠于她的士兵的帮助下与朗特·贝尔合流。
第二十四话：黑历史
朗特·贝尔的战士们在月球上帮助迪亚娜肃清了叛乱分子。而在“冬之宫殿”里，战士们看到的《黑历史》却是……
金卡那姆舰队开始攻击停泊在月球上的朗特·贝尔。在初期部队失礼的情况下，金卡那姆出动了TURN X。
第二十五话：TURN X启动
罗兰的TURN A高达与金卡那姆的TURN X在月面展开激战。结果罗兰失败，TURN A被金卡那姆所夺取。另一方面，窃取了黑历史技术的高安转而与金卡那姆合作，乘坐新·亚加玛抢在朗特·贝尔之前回到地球。
第二十六话：无限之力
追击金卡那姆舰队的朗特·贝尔被巴普夫兰军所袭击，而金卡那姆的拦截部队也同时赶到。战斗中，伊汀发动了新武器“伊汀之枪”消灭了敌人，而朗特·贝尔也因此得以突破防卫线降下地球。
第二十七话：TURN A夺还
回到索琉的迪亚娜重新控制了回归军，并与朗特·贝尔共同对抗金卡那姆舰队。
朗特·贝尔对高安的部队发动了阳动作战，目的是掩护约瑟夫潜入新·亚加玛夺回TURN A。初步作战虽然成功，但驾驶TURN A的约瑟夫却被TURN X攻击，身负重伤。
（如曾说得柯连，则此话柯连加入）
第二十八话：恶魔复活
金卡那姆舰队在市民军、回归军和朗特·贝尔的联合攻击下节节败退。为了挽回败局，他将发掘出的恶魔高达投入战线。朗特·贝尔的战士们虽然全力打倒了恶魔高达，但它又立刻再生成了更强的恶魔高达Jr。在不得已的情况下，朗特·贝尔只得暂时后退。
第二十九话：使徒，新生
恶魔高达开始大肆破坏，而朗特·贝尔的攻击却对它无能为力。就在恶魔高达眼看着无法阻止的情况下，雷达上出现了新的反应：沉睡于地下的使徒再次觉醒，并消灭了恶魔高达。
消灭了恶魔高达的使徒并没有对朗特·贝尔展开攻势。渚薰来到拉·凯拉姆上，对惊愕的众人解释了这一切：原来，使徒本来是史前的普罗多文明制造的生体防卫武器，但在宇宙怪兽侵袭地球的时候，被打败的使徒全部沉睡于地下以逐渐再生。而14000年前被EVA系列打倒的使徒也同样不会死去，只是需要漫长的时间来再生。而当时的使徒攻击EVA主要是为了阻止人类利用利利丝的力量，所以现在的使徒没有理由要与朗特·贝尔为敌。
离开的时候，渚薰告诉众人：金卡那姆舰队或者巴库兰军都不是最大的敌人，因为一支从14000年前的爆炸中幸存的宇宙怪兽集团已经接近了地球。
第三十话：月光蝶
对金卡那姆舰队的总攻击开始。金卡那姆启动了TURN X的月光蝶，意图将现在的一切封入黑历史然后开始一个战争的时代。在朗特·贝尔的奋战下，金卡那姆与自己野心一同被TURN X封入了月之茧。
第三十一话：理想与现实
高安统率金卡那姆的残余部队以及自己秘密建造的量产型TURN A部队，对朗特·贝尔发起了总攻击。而发掘部队其中之一的黄金巨人，正是天照苦苦寻找的KOG和拉克西丝！
在市民军和回归军的支援下，新·亚加玛被击坠。而失去了一切的高安也反省了自己，重新开始作为普通人的人生。
（如天照在队中，可说得拉克西丝加入）
（如拉克西丝加入，则天照换成苏普驾驶KOG，威尔改由韩德指挥）
第三十二话：连接爱与恨的是……
卡拉拉的姐姐，巴库兰军总司令代理哈露露对地球发起了攻击。战斗中，哈露露试图潜入索洛号杀死已经怀了贝斯孩子的卡拉拉，但被朗特·贝尔所阻止。在战斗中，科斯莫意识到伊汀的真正力量是来自纯真的新生命。而被击败的哈露露在卡拉拉的劝说下也放弃了伊汀，回归母星。
（如果哈露露的座机攻击索洛号，则发生卡拉拉杀害事件）
（如布拉弗多在队中且未出击，则卡拉拉杀害事件可以阻止）
（如卡拉拉未死亡则进入路线A）
（如卡拉拉死亡则进入路线B）
第三十三话A：宇宙怪兽基尔基尔刚
平息了地球圈的动乱后，朗特·贝尔开始准备迎击更大的敌人--宇宙怪兽集团。而此次出现的超级宇宙怪兽基尔基尔刚更是比以往的宇宙怪兽更棘手的敌人，好在还有回归军以及使徒部队支援。激烈的战斗之后，受伤的基尔基尔刚逃遁。
（如果“最后的シ者”一话真嗣说得渚薰2次且选择“杀死渚薰”，则此话结束后渚薰加入）
第三十三话B：Komm Süsser Tod
哈露露集合了所有的部队，准备与朗特·贝尔决一死战。激烈的战斗之后双方几乎死伤殆尽，而被破坏爆炸的伊汀更是将整个地球圈化为了灰烬。死去的人们的灵魂回归原始，太阳系的历史又将从第一页翻开……
（如伊汀被击坠则SUDDEN ENDING）
（如敌人全灭且伊汀未被击坠，则进入33话A）
第三十四话：绝望之宴
宇宙怪兽集团本队开始对朗特·贝尔的防线发起冲击。回归军以及使徒都不敌无穷无尽的宇宙怪兽部队。就在弹尽粮绝的时刻，伊汀再次发挥出无穷的力量，消灭了大部分的宇宙怪兽。基尔基尔刚虽然变身成为MEGA基尔基尔刚，但是仍然倒在了战士们的脚下。
（伊汀的HP50%以下时发生伊汀之力爆发剧情，所有敌人HP75%DOWN）
（本话结束后难度为易则ENDING，否则进入35话）
第三十五话：黑历史的发端
借助发掘出来的火星遗迹核心以及伊汀之力，朗特·贝尔试着进行时空跳跃以回到原来的时代。但出现在它们面前的，是宇宙世纪被封入黑历史的那一天。而黑历史的执行人，则是完全形态的TURN A、TURN X和EVA……
（本话结束后难度为中则ENDING，否则进入36话）
第三十六话：终结的开始
再次进行时空跳跃的朗特·贝尔落在了U.C 255年，也就是紫炎被送回过去的那一天。在朗特·贝尔的努力下，宇宙怪兽被击退，人类本来悲惨的未来也被修改。
（本话结束后如熟练度在125以下则ENDING，否则进入37话）
第三十七话：时之最果
第三次进行时空跳跃的朗特·贝尔落入了连接各个时代的虚数空间。在这里，朗特·贝尔要面对过去的各种对手，以及最强的时空之魔王……
（ENDING）